В 1865 году в Таллинне было основано вокальное и драматическое общество «Эстония».
Общество приступило к занятиям драматическим искусством в 1871 году. Позднее театральная деятельность велась относительно нерегулярно, а более традиционные формы обрела только с 1895 года, когда члены общества начали готовить постановки вокальных, народных и комических представлений, которые в большинстве своем сопровождались вокальными и танцевальными номерами. В начале XX века на сцене были поставлены уже серьезные драматические произведения.
В 1906 году на основании общества по инициативе режиссеров и актеров Пауля Пинна и Теодора Альтерманна был создан профессиональный театр «Эстония», который продолжал работать вместе с обществом и основанном в 1908 году Объединением эстонского театра «Эстония» вплоть до 1940 года. В это время в Эстонии установилась советская власть, данные организации были расформированы как нежелательные «национальные пережитки», а сам театр национализирован. За время своего существования театр «Эстония» сменил множество названий. С 1998 года театр называется Национальная опера «Эстония» и действует в качестве общественно-правового учреждения в соответствии Законом о Национальной опере, принятом в Эстонской Республике в 1997 году (и измененном в 2002 году).
Театр «Эстония» всегда был открыт новым идеям и проектам сотрудничества. Часто на сцене Национальной оперы проходят гастрольные представления, проводятся фестивали, мероприятия государственного значения и торжественные приемы. Целью Национальной оперы «Эстония» является защита и сохранение эстонской национальной культуры и мирового культурного наследия на высокопрофессиональном уровне. Здание Национальной оперы, расположенное в центре Таллинна, можно символически назвать сердцем города и всей эстонской культуры.